北京控制工程研究所前身是中国科学院自动化研究所,它是根据中国科学技术发展十二年规划中提出的四项紧急措施于1956年筹建的,1958年成立了自动化研究所二部,是中国科学院内最早从事卫星研制任务的单位之一。1968年在体制调整中划归国防科委五院领导。1970年又划归七机部五院。现为中国航天工业总公司所属单位。

2006年，为庆祝北控所成立50周年，主桅品牌策划公司承办了庆典活动，